設廉政單位一事爭論多年，1987年立委趙少康即曾提案要求設「反貪污局」；2000年民進黨執政後，行政院三度函送「法務部廉政局組織法」草案，希望立院完成立法，但因調查局極力反對，強力遊說國會，最後都未能完成三讀，民進黨團前年還公開痛斥國民黨在程序委員會阻擋「法務部廉政局組織法」草案156次。

偵結運作類似特偵組

至於未來廉政署主要案源，曾勇夫說，貪瀆案被發現後，政風人員、廉政官向上報告，由署內檢察官接手看是否構成犯罪，偵辦到一定程度後才交給各轄區地檢署偵結起訴或不起訴，運作類似特偵組。
此外，為了防止吃案，法務部也考慮在廉政署內設置廉政審查委員會，聘請15位學者專家，提供政策諮詢、評議及改進建議，並審查調查後未移送偵辦的案件、民眾投訴偵辦或處理不當的案件等。
廉政署成員有三來源，包括徵調檢察官、檢察事務官；另甄選有辦案經驗的警察、調查官等幹員，以及公開招考有志青年，擔任廉政官或廉政助理，負責辦案。曾勇夫強調，廉政官要遵守更嚴格風紀要求，若署內出現貪瀆犯罪情事，也有機制及檢察官主動調查偵辦。他表示，檢察官或檢察事務官調廉政署，依法最長4年，到期後另找精明幹練人選。
立法院去年4月通過《貪污治罪條例》增訂公務員財產來源不明罪，檢察官若發現貪污罪被告的公務員或其配偶、未成年子女財產總額異常增加，可要求其說明來源；未說明或說明不實者，最重可處3年徒刑。陳守煌昨說，未來可能修法放寬該法適用對象（指不僅限於貪污罪被告公務員，而是一般公務員），如此將有助於肅貪。

「與調查局分進合擊」

香港立法會保安事務委員會副主席涂謹申昨說，香港的《防止賄賂條例》規定，官員收入和財富只要有一點出入，即可坐10年牢。這法條起了很大作用，讓香港官員已有4、5年沒傳出違法行為。
吳敦義昨強調，「調查局與廉政署等於是兩支同心協力的友軍，共同分進合擊、懲治貪污，效果更好。」至於外界質疑廉政署設在法務部之下是三級機關，效果可能打折？吳揆說，擺哪個機構不是問題，最重要的是目標和決心。
立法院國民黨團書記長林滄敏說，黨團一定會用最快的速度三讀通過。民進黨黨團總召柯建銘痛批：「三級機關不尋常地由總統親自宣布，根本是為挽救低迷民調數字與五都選情的政治操作。」